La façade d'origine de cette église de la fin du 16e s. s'est écroulée lors du tremblement de terre. L'intérieur frappe par la richesse de la décoration, notamment dans la chapelle São João Baptista, chef-d'oeuvre de l'art baroque italien, qui fut édifiée à Rome en 1742, démontée puis transportée à Lisbonne où elle fut rebâtie vers 1750. Dans la 3e chapelle de droite, les azulejos datent du 16e s. Dans la sacristie, ne manquez pas les scènes de la vie de saint François-Xavier.