Large et austère, l'église San Francisco (16e-17e s.) renferme un remarquable choeur en cèdre finement sculpté. Son couvent rassemble une collection de peintures baroques métisses de l'École de Cuzco de toute beauté. Parmi elles, un gigantesque tableau (9 m sur 12) du 17e s. représente l'arbre généalogique de saint François d'Assise, ne comprenant pas moins de 683 personnages. Ne manquez pas non plus, dans le réfectoire, la merveilleuse Cène de Diego de la Puente (17e s.), d'influence flamande.