Ce temple de style dorique, édifié au début du 5e s. av. J.-C., est l'un des mieux conservés de Grèce. Il jouit d'une position dominante et offre une vue exceptionnelle sur l'île d'Égine et le golfe Saronique. Le musée présente des reconstitutions du second temple d'Aphaïa, brûlé vers 510 av. J.‑C., dont une façade polychrome. Mais la majorité des sculptures, vendues à Louis II de Bavière, sont exposées à Munich.